Фонд библиотеки многоотраслевой. Объем научного фонда – 1,2 млн. ед. хр., в основном на русском языке. Этот самый большой по количеству и старейший по времени возникновения фонд библиотеки, включает издания с XVIII в. по настоящее время.
В фонд включены коллекции книг известных ученых: академика В. А. Обручева, проф. М. К. Азадовского, И. А. Парфиановича, Г. С. Виноградова, С. В. Шостаковича, Н. О. Шаракшиновой и др.
Фонд авторефератов диссертаций и диссертаций основан в 1949 г., включает около 15 тыс. документов ученых Иркутского государственного университета и более 6 тыс. авторефератов диссертаций ученых вузов России.
Фонд книг на иностранных языках – английском, немецком, французском, испанском, китайском, монгольском – насчитывает около 120 тыс. книг. В фонде выделена коллекция «Американистика».